Penduduk Muslim asli di Yunani terdiri daripada masyarakat berbilang kaum, bahasa dan latar belakang sosial yang sering bertindih.

Agama Islam adalah fahamanya beberapa kumpulan etnik autochthonous yang tinggal di wilayah Yunani kini, iaitu Pomaks, etnik Turk, sesetengah kumpulan Roma, dan Muslim Yunani, yang memeluk agama Islam terutamanya pada abad ke-15 dan ke-18. Penduduk Muslim negara ini berkurangan secara besar disebabkan perjanjian penukaran penduduk 1923 di antara Greece dan Republik Turki baru, yang juga menyingkirkan sekurang-kurangnya 1.5 juta orang Greece dari Asia Minor.

Istilah Minoriti Muslim (Μουσουλμανική μειονότητα) merujuk pada minoriti agama Islam, linguistik dan etnik di Thrace barat, sebahagian dari timur laut Greece. Pada 1923, di bawah syarat Perjanjian Lausanne, orang Muslim yang tinggal di Greece harus berpindah ke Turki; di mana, orang Kristian yang tinggal di Turki harus berpindah ke Greece dalam sebuah "pemindahan penduduk". Cuma Orang Muslim Thrace dan Kristian Istanbul dan kepulauan Gökçeada dan Bozcaada (Imvros dan Tenedos) tidak ditukarkan. Untuk penerangan selanjut pada masyarakat ini, lihat Minoriti Muslim Yunani.

Fakta bahawa orang minoriti Muslim di Greece tetap tinggal sementara orang Greece dari Istanbul dan kepulauan Gökçeada dan Bozcaada telah dipaksa berpindah ke Greece oleh kerajaan Turki telah dinyatakan oleh kumpulan hak kemanusiaan dan membangkitkan sentimen nasionalisme di sesetengah hujung masyarakat Greece. Sentimen yang mirip juga dirasai di bahagian masyarakat Turki mengenai keadaan terkini pada Muslim Greece Thrace barat, yang biasanya dianggap etnik Turki.

Kebanyakan Muslim Greece autochthonous menganggap diri mereka etnik Turki. Peninggalan Empayar Uthmaniyyah, masyarakat ini menetap kebanyakannya di Thrace Barat, di mana mereka dibenarkan untuk menetap di bawah Perjanjian Lausanne 1923. Di bandar Komotini, ia terdiri dari hampir 40 peratus jumlah penduduk. Terdapat juga sebuah masyarakat Turki di bandar Xanthi di mana ia terdiri dari 23 peratus penduduk. Ada juga masyarakat Muslim dan Muslim Turki menetap di sesetengah kepulauan Dodecanese yang, sebagai sebahagian Itali di antara 1912 dan 1947, tidak dikenakan penukaran penduduk di antara Turki dan Greece pada 1923. Bilangan mereka adalah sekitar 5,000, kebanyakan mereka ada pengenalan Turki dan berbahasa Turki. Masyarakat terkuat berada di Kos (2,000 orang) dam Rodos (3,000 orang) , terutamanya di kampung Platanos.

Orang Pomak pada umumnya tinggal di perkampungan padat di Pergunungan Rhodope Thrace Barat. Sementara masyarakat Roma Greece kebanyakannya Orthodoks Yunani, orang Roma di Thrace kebanyakannya Muslim.